Isomalto-Oligosaccharid wird durch enzymkatalysierte Hydrolyse von Stärke aus verschiedenen Getreidekulturen (Weizen, Gerste, Mais), Impulsen (Linsen, Erbsen), Reis, Tapioka (Maniok), Kartoffeln und andere Stärkequellen gebildet. Enzyme, einschließlich Alpha-Glucosidase, Alpha-Amylase und Pullulanase, hydrolysen die Polysaccharide in Stärke zur Herstellung von Mono-, Di-, Tri- und anderen kleineren Oligosacchariden mit Alpha-1,4- und Alpha-1,6-Glycosid-Bindungen. Hefe wird hinzugefügt, um Glukose zu entfernen, die durch die enzymatischen Hydrolysereaktionen gebildet werden können.
Der letzte Schritt in der Stärkehydrolyse ist ein Sachwechselschritt, der einen hohen Maltosesirup ergibt. Maltosesirup enthält natürlich Di- und Tri-Oligosaccharide mit Alpha-1,4-Glykosidverknüpfungen. Um diese Moleküle in funktionelle und kalorienarme Moleküle umzuwandeln, werden diese Alpha-1,4-Bindungen enzymatisch in Alpha-1,6-Bindungen umgewandelt, wodurch IMO bildet. Dieser Schritt wird durch Zugabe eines Enzyms Transglucosidase (TG) erreicht. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass das TG-Enzym Malto-Oligosaccharide in IMO umwandelt.